政府性基金收支预算一般按专款专用的要求和适当留有余地的原则编制。2016年市本级政府性基金收支预算的具体情况如下：
1．新增建设用地土地有偿使用费收入7亿元，下降43.1%，加上动用上年结转收入2.9亿元，当年可用于安排市本级支出的新增建设用地土地有偿使用费收入9.9亿元。收入预算下降主要是按照本市建设用地减量化的总体要求，2016年度农用地、未利用地转为建设用地总量减少，按规定标准征收的新增建设用地土地有偿使用费相应减少。
新增建设用地土地有偿使用费支出2.9亿元，增长81.3%，加上市对区县补助支出7亿元，当年市本级新增建设用地土地有偿使用费支出总计9.9亿元。主要用于基本农田建设和保护支出、土地整理支出。
2．城市公用事业附加收入27.9亿元，与2015年执行数基本持平，加上动用上年结转收入2.1亿元，当年可用于安排市本级支出的城市公用事业附加收入30亿元。
城市公用事业附加支出18.3亿元，下降12.4%，加上市对区县补助支出11.7亿元，当年市本级城市公用事业附加支出总计30亿元。主要用于城市道路养护、市容绿化环境建设养护、交通管理信号灯控制系统升级以及消防用房维护等。
3．国有土地使用权出让收入762.6亿元，下降4.6%，加上动用上年结转收入167.3亿元，当年可用于安排市本级支出的国有土地使用权出让收入预算929.9亿元。收入预算下降主要是预计2016年土地供应量减少，土地溢价率与2015年水平基本持平，收入预算数小于上年执行数。
国有土地使用权出让支出906.9亿元，增长49.6%，加上市对区县补助支出20亿元，当年市本级国有土地使用权出让支出总计926.9亿元。主要用于征地和拆迁补偿、土地开发、保障性安居工程等支出。收入大于支出3亿元，结转下年使用。国有土地使用权出让支出增幅较大主要是进一步加快土地储备前期成本清算，动用上年结转收入增加市级土地储备项目支出。
4．国有土地收益基金收入11.7亿元，下降4.1%，加上动用上年结转收入1.8亿元，当年可用于安排市本级支出的国有土地收益基金收入预算13.5亿元。收入预算下降主要是预计市本级国有土地使用权出让收入低于上年执行数，按规定标准从国有土地使用权出让收入中提取的国有土地收益基金收入相应下降。
国有土地收益基金支出13.5亿元，增长35%。主要用于旧区改造土地储备项目支出。
5．农业土地开发资金收入0.6亿元，增长100%，加上动用上年结转收入0.1亿元，当年可用于安排市本级支出的农业土地开发资金收入0.7亿元。收入预算增长主要是预计2016年办理国有土地使用权出让收入清算的土地出让面积比2015年增加，按规定标准提取的农业土地开发资金收入相应增加。
农业土地开发资金支出0.7亿元。主要用于南汇东滩二期库区、崇明北沿三期等土地开发整理项目支出。
6．彩票公益金收入8.9亿元，增长12.7%，加上动用上年结转收入1.9亿元，当年可用于安排市本级支出的彩票公益金收入10.8亿元。收入预算增长主要是2016年奥运会以及欧洲杯足球赛举办，预计体育彩票销售收入比2015年有较大增加，按比例提取的体育彩票公益金收入相应增加。
彩票公益金支出9.9亿元，增长1%，加上市对区县补助支出0.5亿元，当年市本级彩票公益金支出总计10.4亿元。主要用于居家养老服务、养老机构改造、医疗救助资金等社会福利事业支出，以及体育场地修缮及运行维护、青少年赛事及后备队伍建设、全民健身业务经费、体育场馆公益开放补贴等体育事业支出。收入大于支出0.4亿元，结转下年使用。
7．城市基础设施配套费收入10.9亿元，下降26.4%，加上动用上年结转收入1亿元，当年可用于安排市本级支出的城市基础设施配套费收入11.9亿元。收入预算下降主要是新开工住宅建设面积减少，按规定标准征收的城市基础设施配套费收入相应下降。
城市基础设施配套费支出11.9亿元，增长17.8%。主要用于新建住宅小区周边配套的市政道路、桥梁、雨污水泵站等市政公用项目和公共设施建设项目，以及补助大型居住社区市政配套设施建设等支出。
8．车辆通行费收入13.8亿元，增长5.3%，加上动用上年结转收入1.2亿元，当年可用于安排市本级支出的车辆通行费收入15亿元。收入预算增长主要是2016年迪士尼乐园将开放运营，预计申嘉湖高速公路车流量保持增长，车辆通行费收入相应增加。
车辆通行费支出15亿元，增长1.4%，主要安排政府还贷高速公路还本付息、养护运营等支出。
9．港口建设费收入2.5亿元，下降7.4%，加上动用上年结转收入1.5亿元，中央财政专项补助收入7.4亿元，当年可用于安排市本级支出的港口建设费收入11.4亿元。收入预算下降主要是受航运业不景气影响，预计港口建设费收入同比减少。
港口建设费支出9.3亿元，增长181.8%。主要用于港口公共基础设施维护及黄浦江水文测验、航道水深监测等。收入大于支出2.1亿元，结转下年使用。
10. 彩票发行销售机构业务费收入3亿元，增长20%，加上中央财政专项补助收入0.1亿元，当年可用于安排市本级支出的彩票发行销售机构业务费收入3.1亿元。收入预算增长主要是预计2016年彩票销售收入比2015年有较大增加，按比例提取的彩票发行销售机构业务费收入相应增加。
彩票发行销售机构业务费支出2.6亿元，增长13%，主要用于机构人员经费、日常公用经费，以及销售系统建设和运行维护费、市场宣传推广费、技术服务费、彩票发行销售风险基金等发行销售业务支出。收入大于支出0.5亿元，结转下年使用。
11. 根据国家有关规定，本市自2016年3月起将污水处理费纳入政府性基金预算管理。当年可用于安排市本级支出的污水处理费收入18亿元。
污水处理费支出18亿元。主要用于城镇污水处理设施的建设、运行和污泥处理处置，以及污水处理费的代征手续费支出。
12. 其他政府性基金，主要包括散装水泥专项资金、新型墙体材料专项基金、国家电影发展专项资金等。其他政府性基金收入2亿元，下降20%，加上动用上年结转收入2亿元，中央财政专项补助收入0.9亿元，当年可用于安排市本级支出的其他政府性基金收入4.9亿元。收入预算下降主要是按照财政部规定，政府住房基金、无线电频率占用费等2项基金从2016年起转列一般公共预算。
其他政府性基金支出1.3亿元，下降90.8%，加上市对区县补助支出2.1亿元，当年市本级其他政府性基金支出总计3.4亿元。主要是上年执行数中包括中央财政拨付的民航发展基金等政府性基金，截至2016年预算编制时中央财政尚未下达对本市的相关基金专项补助收入，因此预算数小于上年执行数，年度执行中将根据中央财政相关基金专项补助下达情况增加安排支出。其他政府性基金按国家规定分别用于各项基金支出。收入大于支出1.5亿元，结转下年使用。