水稻种传病害主要有恶苗病、干尖线虫病等。恶苗病是水稻的常见病、多发病，自然发病率为5～10%，感病品种发病率可达40%以上，重发田块产量损失严重。水稻干尖线虫病也时有发生，个别感病品种发生较重，如秋优金丰等品种干尖线虫病自然带虫率达20%左右。水稻种子处理以后可有效控制种传病害，而且对水稻苗期灰飞虱的防治有一定作用，从而能减轻水稻条纹叶枯病的发生，因此必须认真做好稻种消毒工作。具体意见如下：
（一）农业防治
精选种子，筛扬淘汰瘪谷、病谷，确保种子的发芽率。浸种前，选择晴天晒种1～2天，提高种子发芽率和抗病能力。
（二）药剂处理
1、药剂和用量
使用17%杀螟丹·乙蒜素（菌虫清）可湿性粉剂加10%吡虫啉可湿性粉剂，药剂用量为每4～5公斤谷种使用菌虫清30克加吡虫啉10克。
2、浸种方法
用菌虫清30克和吡虫啉10克加少量清水调成母液，然后加清水8～10公斤均匀稀释，再将晒、选过的4～5公斤稻种浸入配制成的8～10公斤药液中（若浸种数量较多可按上述比例一次性配制），并上下翻动数次，将浸种容器加盖，放于阴凉避光处。
3、浸种时间
日平均气温18～22℃时，浸种60小时（三夜二天）；日平均气温23～25℃时，浸种48小时。一般5月底以前浸种的，要求浸足60小时，6月初开始浸种的，需浸足48小时。7月份播种的晚茬稻也要浸36小时。
4、注意事项
（1）浸足时间，保证药效。
（2）浸种时，药液应浸没稻种，容器需加盖，并置于阴凉避光处。
（3）稻种浸种消毒后，不需用清水冲洗，直接沥干催芽播种。