复旦生命科学学院课题组参与绘制 首个小鼠全身各器官转录因子蛋白质组图谱
近日，复旦大学生命科学学院研究员丁琛课题组与国家蛋白质科学中心（北京）教授秦钧课题组合作研究揭示了转录因子在小鼠各个不同器官的表达情况，为整个蛋白质组学研究填补了这一领域的空白。4月21日，研究论文以“A Mouse Tissue Transcription Factor Atlas”为题在线发表于《自然通讯》（Nature Communications）杂志。该项研究对于理解转录因子调控基因表达以及开展相应的基础和转化医学具有重要的理论指导和应用价值。
转录因子（transcription factor, TF）是一群能与基因上游特定序列（转录因子结合位点）专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子，在哺乳动物基因组中大约含有1500个。转录因子在作用功能上可分为两类，一类为普遍转录因子，另一类为组织细胞特异性转录因子，这些TF仅在特定的组织或细胞中表达，或者是受到一些外部信号和其他刺激后，才开始发挥功能，转录表达某些特异基因产物。转录因子的表达水平极低，在大规模蛋白质组学中鉴定定量一直是领域中难以攻克的难题。目前大规模转录因子的研究主要通过转录组数据得出。但是，转录因子是通过结合DNA特定序列发挥功能，单纯的转录组定量信息并不能代表转录因子的生活活性功能。
该课题研究中，研究人员利用串联转录因子反应元件（catTFRE， concatenated tandem
array of the consensus TFREs）技术应用于小鼠32个组织和器官的转录因子鉴定中，绘制了整个小鼠在组织器官水平上的转录因子定量图谱（下图）。通过对大规模数据的整合与生物信息学分析，发现了在各个层次中起重要功能的转录因子，包括普遍表达转录因子，组织保守性转录因子以及组织决定性转录因子（ttmTF）。研究人员利用小鼠2/3肝切除再生实验证实，在器官组织发生剧变时，ttmTF会显著下调，丧失一部分器官原有的特性。该研究揭示了转录因子在小鼠各个不同器官的表达情况，为整个蛋白质组学研究填补了这一领域的空白。该项研究对于理解转录因子调控基因表达以及开展相应的基础和转化医学具有重要的理论指导和应用价值。